Pour propager le culte de saint Roch, les cellites et de pieux bourgeois créent en 1579 une archiconfrérie qui lui est dédiée et est approuvée par le prince-évêque Gérard de Groesbeeck (1564-1580). Dirigée par le pater ou supérieur des cellites à Liège et deux maîtres élus annuellement, cette association religieuse se chargea des frais d’embellissement à la chapelle. Quatre magnifiques dalles funéraires ornent encore le sol de la nef. Il s’agit de pierres sépulcrales de quatre pater du couvent : dalle du pater Judocus Nuyts (+ 25 mars 1572), dalle du pater Jacobus Daddelinx (+ 20 décembre 1598), dalle du pater Gerardus Daddelinx (+ en 1607) et dalle du pater  Nicolas Van den Brueggen (+ 9 mai 1624). Le couvent avait son cimetière particulier, situé derrière le chœur de la chapelle. Les pensionnaires ou les étrangers qui le souhaitaient pouvaient y être inhumés.

Il est probable que les cérémonies organisées par l’archiconfrérie qui se maintint jusqu’au début du XIX^e siècle (suppression par le curé de Saint-Servais, Hinquet) augmentèrent la popularité des cellites. Au XVII^e siècle, elle les força à agrandir leur chapelle, une nouvelle fois grâce à la générosité des Liégeois qu’encouragea le prince-évêque Maximilien-Henri de Bavière (1650-1688). La chapelle est alors élargie et le bas-côté gauche entièrement réaménagé. Un nouveau chœur est érigé à l’extrémité occidentale. L’entrée primitive est remplacée par une porte monumentale précédée d’un large perron. Dans le jubé prend place en 1769 un orgue remarquable, attribué à Guillaume Robustelly. Il est inscrit depuis 2002 sur la liste du patrimoine exceptionnel de Wallonie. Il a été restauré de 2009 à 2010 par la manufacture Thomas de Ster-Francorchamps.

Au milieu du XVII^e siècle, un conflit visant l’administration de l’archiconfrérie de Saint-Roch éclata entre les desservants de la paroisse Saint-Servais et les frères cellites. Il fut réglé en 1697 par le prince-évêque Joseph-Clément de Bavière (1694-1723) qui confirma que la gestion de cette administration incombait au pater des cellites et à deux maîtres, désignés pour un an et devant rendre compte de leur mandat lors d’une assemblée annuelle. Par la même occasion, le prince-évêque rappelait que le couvent et la chapelle étaient exempts de la juridiction ordinaire et paroissiale.

Cliché D. Nahoé