La restauration de l’orgue a été confiée à la Manufacture Thomas. Elle a été menée dans le respect des éléments anciens conservés et dans la reconstitution des éléments manquants.

Bien que l’orgue soit relativement modeste, 15 jeux, le son retrouvé est puissant et marqué par une grande franchise.

Dès la reconnaissance de l’orgue comme patrimoine exceptionnel, sans plus attendre, compte tenu de la qualité acoustique du lieu et de son potentiel musical, les Amis de la Chapelle prennent la décision d’entamer les démarches en vue de sa restauration. Patrick Wilwerth et Louis Schokert rédigent le cahier des charges et accompagneront le projet jusqu’à la fin de la restauration de l’instrument dans son état d’origine par la Manufacture Thomas.

Comme l’écrit Patrick Wilwerth dans la brochure éditée à l’occasion de l’inauguration de l’orgue, «Aujourd’hui, avec le recul, il est heureux de constater que les claviers historiques et la totalité des jeux d’anches ont été conservés. C’est un cas unique en Belgique. Seuls ont disparu les tuyaux aigus comme les mutations, la cymbale et une partie du cornet. Cette pratique était fréquente chez les organiers au XIXe siècle et au début du XXe siècle. Nous constatons également que le diapason d’origine n’a pas subi de modification et même que le tempérament d’origine n’a été que très modestement adapté. Ce sont sans doute les moyens financiers limités des propriétaires de la chapelle Saint-Roch qui ont empêché de procéder à des transformations importantes et préservé l’instrument jusqu’à nos jours ».